独立行政法人 情報処理推進機構（IPA）および一般社団法人 JPCERT コーディネーションセンター（JPCERT/CC）は3月4日、まろやかCGIが提供する複数のCGIスクリプトにクロスサイトスクリプティング（XSS）の脆弱性が存在すると「Japan Vulnerability Notes（JVN）」で発表した。CVSSによる最大Base Scoreは5.0。「まろやかリレー小説」「まろやかイメージアルバム」「まろやか一言ボード」には、XSSの脆弱性（CVE-2015-0893、CVE-2015-0892、CVE-2015-0891）が存在する。この脆弱性が悪用されると、ユーザのWebブラウザ上で任意のスクリプトを実行される可能性がある。これらはすでに修正版が公開されており、まろやかCGIではアップデートするよう呼びかけている。
