4月6日、国土交通省は、配布していた「オンライン申請用アプリケーション」に含まれるJava 2 Runtime Environmentにセキュリティ上の問題があることがわかったことを発表した。 続く4月7日、総務省でも配布している電子申請・届出システム（体験システム）に同様の問題があることを発表した。 この問題は、4月5日、経済産業省電子申請システムが公表した問題と同じものである。 この問題自体は、3月19日の時点でわかっていたことであり、大きく遅れたセキュリティ問題の発表となった。 インターネットのセキュリティには、まだ多くの課題があり、なんらかの問題が発生することは避けられない。問題を未然に防ぐことも重要であるが、問題が発生した際に、迅速に適切な措置をとり、告知を行うことも重要である。 総務省のサービスでは、運用開始時点に、すでにセキュリティホールがあることが公表されていた。サービス開始時点でセキュリティホールの存在を知らなかったならば、情報収集、問題発見の体制に問題があるし、知っていたとすれば利用者に対して危険性の告知を行わずにサービスを提供していたことになる。 今回の一連の発表は、今後に大きな課題を感じさせるものとなった。国土交通省オンライン申請システム「オンライン申請用アプリケーション」の利用者の皆様へhttp://www.goa.mlit.go.jp/info/a_20020408_APstop.htmlインターネットを利用した電子申請・届出システム（体験システム）から「体験用の専用ソフト」をダウンロードされた方へhttp://www.soumu.go.jp/alert.html
