puttygen.exeによる鍵対生成方法は簡単である。puttygen.exeはダブルクリックするなどして起動される。下の方のParametersの欄でSSH1(RSA)、SSH2 RSA、SSH2 DSAの何れかにチェックを入れ、「Number of bits ina generated key:」で鍵強度を決定する鍵のビットサイズを入力する。鍵強度はデフォルトの値、1024 で十分である。[Generate]ボタンを押すと鍵生成が行われる。鍵生成には乱数が必要なので、「Key」でプログレスバーが左から右に進行している鍵生成中には「Key」欄の空白あたりでマウスポインタを適当に動かさなければならない。
鍵が生成されるとKey欄の上段に公開鍵、その下に鍵の指紋が表示される。これらの情報はコピーしてどこかに保存しておいてもよい。また公開鍵は[ Save public key]ボタンを押すことによってテキストファイルとして保存することもできる。
２つの欄に入力したパスフレーズが一致しない場合には、保存しようとすると「The two passphrases given do not match」というポップアップウィンドウが出て、保存できないようになっている。これらを入力した後、[Save private key]ボタンを押せば、暗号化された秘密鍵と公開鍵は、ファイル名を付けて保存することができる。
